«Секретная армия моджахедов» стала первой из афганских организаций после движения Талибан, разработавшей детальную политическую программу. В тексте программы, посланной в редакции некоторых средств массовой информации, помимо общеполитических намерений, содержатся и вполне конкретные действия, которые планируют совершить члены «Секретной армии моджахедов». В частности, они собираются уничтожить всех «американских афганцев» - выходцев из США, составляющих сейчас костяк кабульского режима. Главу режима Хамида Карзая моджахеды обещают повесить в парке Кабула, как бывшего коммунистического лидера страны Наджибуллу.